Usługa sekwencjonowania, usługa syntezy

Uniwersyteckie Centrum Stomatologii i Medycyny Specjalistycznej Sp. z o.o.

Pakiet 1: usługa
Usługa cało-eksomowego sekwencjonowania NGS (ang. Next Generation Sequencing)
Pakiet 2: usługa
Usługa syntezy standardowych, nieznakowanych oligonukleotydów oraz usługa standardowego sekwencjonowania produktów pcr.

Termin

Termin składania ofert wynosił 2017-10-23. Zamówienie zostało opublikowane na stronie 2017-09-07.

Kto?

• Uniwersyteckie Centrum Stomatologii i Medycyny Specjalistycznej Sp. z o.o.

Co?

• Usługi badawcze › Laboratoryjne usługi badawcze

Gdzie?

• Wielkopolskie › Miasto Poznań

Historia zamówień

Data	Dokument
2017-09-07	Ogłoszenie o zamówieniu
2017-10-16	Dodatkowe informacje

Ogłoszenie o zamówieniu (2017-09-07)
Obiekt
Zakres zamówienia
Tytuł: Laboratoryjne usługi badawcze
Numer referencyjny: UCSiMS/382/06/17
Krótki opis:

Pakiet 1: usługa Usługa cało-eksomowego sekwencjonowania NGS (ang. Next Generation Sequencing) Pakiet 2: usługa Usługa syntezy standardowych, nieznakowanych oligonukleotydów oraz usługa standardowego sekwencjonowania produktów pcr.

Metadane ogłoszenia
Język oryginału: polski 🗣️
Typ dokumentu: Ogłoszenie o zamówieniu
Rodzaj zamówienia: Usługi
Regulacja: Unia Europejska, z udziałem krajów GPA
Wspólny słownik zamówień (CPV)
Kod: Laboratoryjne usługi badawcze 📦
Dodatkowy kod CPV: Laboratoryjne usługi badawcze 📦

Procedura
Typ procedury: Procedura otwarta
Typ oferty: Wniosek dotyczący wszystkich partii
Kryteria przyznawania nagród
Oferta najbardziej korzystna ekonomicznie

Instytucja zamawiająca
Tożsamość
Kraj: Polska 🇵🇱
Typ instytucji zamawiającej: Inne
Nazwa instytucji zamawiającej: Uniwersyteckie Centrum Stomatologii i Medycyny Specjalistycznej Sp. z o.o.
Adres pocztowy: ul. Bukowska 70
Kod pocztowy: 60-812
Miasto pocztowe: Poznań
Kontakt
Adres internetowy: http://ucs.poznan.pl 🌏
E-mail: i.bartkowski@ucs.poznan.pl 📧
URL dokumentów: http://www.ucs.poznan.pl/zamowienia-publiczne 🌏

Odniesienie
Daty
Data wysłania: 2017-09-07 📅
Termin składania ofert: 2017-10-23 📅
Data publikacji: 2017-09-09 📅
Data końcowa: 2018-12-31 📅
2019-12-31 📅
Identyfikatory
Numer ogłoszenia: 2017/S 173-354641
Numer Dz.U.-S: 173
Informacje dodatkowe
Miejsce świadczenia usług – poza siedzibą Zamawiającego.

Obiekt
Zakres zamówienia
Krótki opis:

Pakiet 1: usługa

Usługa cało-eksomowego sekwencjonowania NGS (ang. Next Generation Sequencing)

Pakiet 2: usługa

Usługa syntezy standardowych, nieznakowanych oligonukleotydów oraz usługa standardowego sekwencjonowania produktów pcr.

Nazwa części: Pakiet 1: usługa usługa cało-eksomowego sekwencjonowania NGS (ang. Next Generation Sequencing)
Numer części: 1
Krótki opis:

50 reakcji sekwencjonowania

Przedmiotem usługi jest sekwencjonowanie cało-eksomowe (analiza części kodującej genomu ang. whole-exome sequencing WES) wraz z przygotowaniem bibliotek dla 50 próbek wysyłanych sukcesywnie w czasie trwania umowy.

— materiałem genetycznym przesyłanym do Wykonawcy będzie ludzkie genomowe DNA wyizolowane z krwi obwodowej metodą wysalania lub cebulki włosów ludzkich (20-30 cebulek włosów)

— dla każdej próby usługa będzie obejmować przygotowanie biblioteki DNA, sekwencjonowanie NGS, kontrolę jakości odczytów sekwencjonowania, analizę bioinformatyczną oraz potwierdzenie wyników potencjalnie patogennych

— Zamawiający wymaga, aby odczyty sekwencji eksomu dla każdej próbki (odczyty sparowane 2 x 100 pz), po wykluczeniu odczytów niskiej jakości oraz po wykluczeniu zduplikowanych odczytów, pozwalały na co najmniej 90 % pokrycie badanych regionów w stopniu minimum 20x lub też na co najmniej 95 % pokrycie badanych regionów w stopniu minimum 10x

— przygotowanie listy zidentyfikowanych wariantów nukleotydowych

— annotacje z wykorzystaniem aktualnej bazy HGMD (Human Gene Mutation Database)

— annotacje częstości zidentyfikowanych wariantów nukleotydowych na podstawie bazy danych Wykonawcy zawierającej wyniki co najmniej 500 eksomów różnych, niespokrewnionych ze sobą osób należących do populacji polskiej

— ocenę patogenności in silico zidentyfikowanych wariantów nukleotydowych z wykorzystaniem co najmniej 5 programów bioinformatycznych,

— dla każdej analizowanej próbki, potwierdzenie wyników potencjalnie patogennych ma polegać na powtórnym celowanym sekwencjonowaniu (np. metodą Sangera) co najmniej 3 wariantów nukleotydowych wskazanych przez Zamawiającego; analiza ma obejmować probanda oraz członków jego rodziny (maksymalnie do 10 osób)

— Zamawiający wymaga dostępu online do surowych danych reakcji sekwencjonowania (odczyty sekwencji) w formacie FASTQ (fastq.gz) oraz możliwości zdalnego przeglądania plików BAM znajdujących się na serwerze Wykonawcy

— Zamawiający zastrzega sobie prawo do kontroli oraz weryfikacji jakości odczytów sekwencjonowania.

Nazwa projektu lub programu finansowanego przez UE: RPWP.07.02.02-IZ-00-30-002/16.
Informacje dodatkowe: Miejsce świadczenia usług – poza siedzibą Zamawiającego.
Nazwa części: Pakiet 2: usługa Usługa syntezy standardowych, nieznakowanych oligonukleotydów oraz usługa standardowego sekwencjonowania produktów PCR
Numer części: 2
Krótki opis:

Usługa syntezy standardowych, nieznakowanych oligonukleotydów 10 000 nukleotydów

Usługa standardowego sekwencjonowania produktów PCR 17 500 reakcji.

Informacje dodatkowe:

Usługa obejmuje:

— pokrycie kosztów transportu matryc oraz starterów sekwencyjnych

— oczyszczanie produktu PCR

— wykonanie reakcji sekwencjonowania

— usługa będzie obejmować analizę bioinformatyczną polegającą na porównaniu otrzymanych sekwencji do sekwencji referencyjnych zdeponowanych w bazach danych

Miejsce wykonania
Główne miejsce lub miejsce wykonywania działalności: Siedziba zamawiającego.

Informacje prawne, ekonomiczne, finansowe i techniczne
Warunki uczestnictwa
Zdolność do prowadzenia działalności zawodowej:

Wykonawca, którego oferta zostanie oceniona jako najkorzystniejsza, w celu wykazania braku podstaw wykluczenia z postępowania o udzielenie zamówienia zostanie wezwany do złożenia następujących oświadczeń i dokumentów

1. informacja z Krajowego Rejestru Karnego w zakresie określonym w art. 24 ust. 1 pkt 13, 14 i 21 Pzp, wystawionej nie wcześniej niż 6 miesięcy przed upływem terminu składania ofert;

2. oświadczenia Wykonawcy o braku orzeczenia wobec niego tytułem środka zapobiegawczego zakazu ubiegania się o zamówienia publiczne;

3. odpisu z właściwego rejestru lub z centralnej ewidencji i informacji o działalności gospodarczej, jeżeli odrębne przepisy wymagają wpisu do rejestru lub ewidencji, w celu potwierdzenia braku podstaw wykluczenia na podstawie art. 24 ust. 5 pkt 1 Pzp;

Jeżeli wykonawca ma siedzibę lub miejsce zamieszkania poza terytorium Rzeczypospolitej Polskiej, zamiast dokumentów, o których mowa w § 5 Rozporządzenia Ministra Rozwoju z dnia 26.7.2016 r. w sprawie rodzajów dokumentów, jakich może żądać zamawiający od wykonawcy w postępowaniu o udzielenie zamówienia (dalej jako…

… „rozporządzenie”) składa dokumenty i/lub oświadczenia zgodnie z treścią Rozporządzenia, w szczególności:

… „rozporządzenie”): pkt 1 rozporządzenia – składa informację z odpowiedniego rejestru albo, w przypadku braku takiego rejestru, inny równoważny dokument wydany przez właściwy organ sądowy lub administracyjny kraju, w którym wykonawca ma siedzibę lub miejsce zamieszkania lub miejsce zamieszkania ma osoba, której dotyczy informacja albo dokument, w zakresie określonym w art. 24 ust. 1 pkt 13, 14 i 21; pkt 4 rozporządzenia – składa dokument lub dokumenty wystawione w kraju, w którym wykonawca ma siedzibę lub miejsce zamieszkania, potwierdzające, że nie otwarto jego likwidacji ani nie ogłoszono upadłości.

Jeżeli w kraju, w którym wykonawca ma siedzibę lub miejsce zamieszkania lub miejsce zamieszkania ma osoba, której dokument dotyczy, nie wydaje się dokumentów, o których mowa powyżej, zastępuje się je dokumentem zawierającym odpowiednio oświadczenie wykonawcy, ze wskazaniem osoby albo osób uprawnionych do jego reprezentacji, lub oświadczenie osoby, której dokument miał dotyczyć, złożone przed notariuszem lub przed organem sądowym, administracyjnym albo organem samorządu zawodowego lub gospodarczego właściwym ze względu na siedzibę lub miejsce zamieszkania wykonawcy lub miejsce zamieszkania tej osoby.

Sytuacja gospodarcza i finansowa:

1. oświadczenia Wykonawcy o braku wydania wobec niego prawomocnego wyroku sądu lub ostatecznej decyzji administracyjnej o zaleganiu z uiszczaniem podatków, opłat lub składek na ubezpieczenia społeczne lub zdrowotne albo – w przypadku wydania takiego wyroku lub decyzji – dokumentów potwierdzających dokonanie płatności tych należności wraz z ewentualnymi odsetkami lub grzywnami lub zawarcie wiążącego porozumienia w sprawie spłat tych należności;

… „rozporządzenie”) składa dokumenty i/lub oświadczenia zgodnie z treścią Rozporządzenia, w szczególności:

Zdolności techniczne i zawodowe:

wykaz usług wykonanych, a w przypadku świadczeń okresowych lub ciągłych również wykonywanych, w okresie ostatnich 3 lat przed upływem terminu składania ofert a jeżeli okres prowadzenia działalności jest krótszy – w tym okresie, wraz z podaniem ich wartości, przedmiotu, dat wykonania i podmiotów, na rzecz których usługi zostały wykonane, oraz załączeniem dowodów określających czy te usługi zostały wykonane lub są wykonywane należycie, przy czym dowodami, o których mowa, są referencje bądź inne dokumenty wystawione przez podmiot, na rzecz którego usługi były wykonywane, a w przypadku świadczeń okresowych lub ciągłych są wykonywane, a jeżeli z uzasadnionej przyczyny o obiektywnym charakterze wykonawca nie jest w stanie uzyskać tych dokumentów – oświadczenie wykonawcy; w przypadku świadczeń okresowych lub ciągłych nadal wykonywanych referencje bądź inne dokumenty potwierdzające ich należyte wykonywanie powinny być wydane nie wcześniej niż 3 miesiące przed upływem terminu składania ofert albo wniosków o dopuszczenie do udziału w postępowaniu;

Minimalny poziom(y) standardów:

Warunki udziału w postępowaniu, określone przez Zamawiającego zgodnie z art. 22 ust. 1b PZP

dla pakietu nr 1: wykonanie co najmniej pięciu (5) usługi cało-eksomowego sekwencjonowania NGS (ang. Next Generation Sequencing), w okresie ostatnich trzech lat przed upływem terminu składania ofert, a jeżeli okres prowadzenia działalności jest krótszy w tym okresie.

dla pakietu nr 2: wykonali co najmniej dwie (2) usługi syntezy standardowych, nieznakowanych oligonukleotydów lub dwie (2) usługi standardowego sekwencjonowania produktów PCR, każda o wartości co najmniej 100 000 PLN, w okresie ostatnich trzech lat przed upływem terminu składania ofert, a jeżeli okres prowadzenia działalności jest krótszy w tym okresie.

Realizacja zamówienia
Warunki realizacji zamówienia:

Dla pakietu nr 1

Wyniki sekwencjonowania genomowego zostaną przekazane Zamawiającemu na nośniku danych lub zostaną udostępnione online.

Wykonawca wykona sekwencjonowania cało-eksomowe i prześle ich wyniki wraz z analizą bioinformatyczną w terminie do 60 dni od daty otrzymania próbek – termin realizacji usługi jest obowiązujący zarówno w przypadku gdy Zamawiający prześle jedną próbkę do analizy jak i partię składającą się z 10 – 20 próbek

3. Dostarczenie próbek odbędzie się na koszt i ryzyko Wykonawcy do jego siedziby standardową przesyłką kurierską

dla pakietu nr 2

poz. 1 koszty za standardowe przesyłki kurierskie będzie ponosił Wykonawca

poz. 2 Dostarczenie próbek odbędzie się na koszt i ryzyko Wykonawcy do jego siedziby standardową przesyłką kurierską, przesłanie wyników reakcji sekwencjonowania w wersji elektronicznej – plik tekstowy zawierający sekwencję oraz chromatogram w formacie .abi lub .ab1.

Procedura
Czas składania ofert: 14:30
Języki, w których można składać oferty lub wnioski o dopuszczenie do udziału w postępowaniu: polski 🗣️
Okres ważności oferty: 2017-12-21 📅
Data otwarcia ofert: 2017-10-23 📅
Czas otwarcia ofert: 15:00
Miejsce: Otwarcie ofert nastąpi w siedzibie Zamawiającego pok. nr 420.
Informacje dodatkowe: Wszyscy zaointeresowani.
Kryteria przyznawania nagród
Kryterium jakości (nazwa): Ocena techniczna
Kryterium jakości (waga): 40
Waga ceny: 60

Instytucja zamawiająca
Tożsamość
Inny rodzaj instytucji zamawiającej: Sp. z o. o.
Kontakt
Punkt kontaktowy: Iwo Bartkowski
Dokumenty URL: http://www.ucs.poznan.pl/zamowienia-publiczne 🌏

Odniesienie
Informacje dodatkowe

1. Zamawiający przewiduje zastosowanie procedury określonej w dyspozycji art. 24aa Pzp („procedura odwrócona”).

2. Oferta musi być zabezpieczona wadium w wysokości:

Pakiet nr 1. 5 700 PLN

Pakiet nr 2. 8 800 PLN

3. Wstępne potwierdzenie spełniania warunków udziału w postępowaniu oraz braku podstaw wykluczenia: Do oferty Wykonawca dołącza aktualne na dzień składania ofert oświadczenie w formie Jednolitego Europejskiego

Dokumentu Zamówienia w zakresie wskazanym w SIWZ oraz ogłoszeniu. Zamawiający wezwie Wykonawcę, którego oferta zostanie najwyżej oceniona do przedłożenia dokumentów (w oparciu o treść §5 Rozporządzenia

Ministra Rozwoju z 26.7.2016 w sprawie rodzajów dokumentów, jakich może żądać Zamawiający od Wykonawcy w postępowaniu o udzielenie zamówienia):

4. Ponadto do oferty oprócz Jednolitego Europejskiego Dokumentu Zamówienia (JEDZ), należy załączyć

następujące dokumenty:

— Formularz ofertowy

— dokument potwierdzający wniesienie wadium,

— dokumenty potwierdzające uprawnienia osób podpisujących ofertę Wykonawcy do działania w jego imieniu (w tym także pełnomocnictwa).

Informacje uzupełniające
Organ kontrolny
Nazwa: Prezes Krajowej Izby Odwoławczej
Adres pocztowy: ul. Postępu 17
Miasto pocztowe: Warszawa
Kod pocztowy: 02-676
Kraj: Polska 🇵🇱
Telefon: +48 224587840 📞
Fax: +48 224587700 📠
Informacje o terminach składania odwołań:

Zasady, terminy oraz sposób korzystania ze środków ochrony prawnej szczegółowo regulują przepisy działu VI ustawy z dnia 29.1.2004 r. Prawo zamówień publicznych

(tekst jednolity z dnia 26.11.2015 r. Dz.U. z 2015 r. poz. 2164 ze zm – środki ochrony prawnej (art. 179-198 g Pzp).

Służba, od której można uzyskać informacje o procedurze odwoławczej
Tak samo jak: Organ kontrolny
Źródło: OJS 2017/S 173-354641 (2017-09-07)

Dodatkowe informacje (2017-10-16)
Obiekt
Zakres zamówienia
Krótki opis:

Pakiet 1: usługa USŁUGA CAŁO-EKSOMOWEGO SEKWENCJONOWANIA NGS (ang. Next Generation Sequencing) Pakiet 2: usługa USŁUGA SYNTEZY STANDARDOWYCH, NIEZNAKOWANYCH OLIGONUKLEOTYDÓW oraz USŁUGA STANDARDOWEGO SEKWENCJONOWANIA PRODUKTÓW PCR.

Metadane ogłoszenia
Typ dokumentu: Dodatkowe informacje

Odniesienie
Daty
Data wysłania: 2017-10-16 📅
Termin składania ofert: 2017-10-31 📅
Data publikacji: 2017-10-18 📅
Identyfikatory
Numer ogłoszenia: 2017/S 200-412174
Odnosi się do ogłoszenia: 2017/S 173-354641
Numer Dz.U.-S: 200

Obiekt
Zakres zamówienia
Krótki opis:

USŁUGA CAŁO-EKSOMOWEGO SEKWENCJONOWANIA NGS (ang. Next Generation Sequencing)

USŁUGA SYNTEZY STANDARDOWYCH, NIEZNAKOWANYCH OLIGONUKLEOTYDÓW oraz USŁUGA STANDARDOWEGO SEKWENCJONOWANIA PRODUKTÓW PCR.

Źródło: OJS 2017/S 200-412174 (2017-10-16)

Nowe zamówienia w powiązanych kategoriach 🆕

Usługi badawcze i eksperymentalno-rozwojowe oraz pokrewne usługi doradcze (20 nowe zamówienia)

Usługi badawcze i eksperymentalno-rozwojowe (12)

Usługi badawcze (8)