Wykonanie izolacji DNA z krwi pełnej 3000 próbek wraz z wykonaniem genotypowania wielkoskalowego metodą mikromacierzy z wykorzystaniem panelu Illumina GSAv3 MD, oraz odesłanie pozostałych izolatów do

Tytuł

Wykonanie izolacji DNA z krwi pełnej 3000 próbek wraz z wykonaniem genotypowania wielkoskalowego metodą mikromacierzy z wykorzystaniem panelu Illumina GSAv3 MD, oraz odesłanie pozostałych izolatów do
AZP.25.2.12.2022

Krótki opis

Przedmiotem zamówienia jest wykonanie izolacji DNA z krwi pełnej 3000 próbek wraz z wykonaniem genotypowania wielkoskalowego metodą mikromacierzy z wykorzystaniem panelu Illumina GSAv3 MD, oraz odesłanie pozostałych izolatów do siedziby Zamawiającego od pacjentów włączonych do badań w projekcie pn.: „Centrum Sztucznej Inteligencji w Medycynie przy Uniwersytecie Medycznym w Białymstoku” oraz „Białystok PLUS”, realizowanym przez Uniwersytet Medyczny w Białymstoku

Opis zamówienia

1. Wykonawca dysponuje odpowiednim sprzętem do wykonania usługi automatycznej izolacji DNA z próbek krwi pełnej dostarczonych przez udzielającego zamówienie, o następujących parametrach:
A. Materiał wyjściowy– krew pełna pobrana na K2EDTA
B. Objętość materiału wyjściowego - 300ul (probówki LVL MX500) lub 400ul (probówki Micronic 0,75ml External-thread)
C. Izolacja maksymalnej ilości DNA z całej objętości próbki inputowej
D. Ilość: min.2400 próbek, maksimum 3000 próbek (przesyłane w 2 turach, ilości i harmonogram do ustalenia między Zamawiającym a Wykonawcą)
E. Wykonawca dokona pomiaru stężenia i jakości wyizolowanego DNA z użyciem barwnika fluorescencyjnego PicoGreen niezbędną do wykonania analiz genotypowania
F. Pozostałą wyizolowaną ilość DNA dostarczy na koszt Zamawiającego, na adres wskazany przez Zamawiającego w probówkach typu Micronic lub równoważnych wraz z raportem podsumowującym ze wszystkimi danymi dotyczącymi stężenia, czystości i jakości otrzymanych izolatów.
G. Próbki po rozdziale powinny być przechowywane w temperaturze nie wyższej niż -20ºC i wysłane niezwłocznie do Zamawiającego w warunkach odpowiednich dla tego rodzaju materiału.
H. DNA zostanie znormalizowane zgodnie z zaleceniami producenta do wykonania kolejnego etapu, jakim jest genotypowanie.
2. Wykonawca dysponuje odpowiednim sprzętem do wykonania usługi genotypowania wielkoskalowego z wykorzystaniem paneli Infinium Global Screening Array-24 v3 MD firmy Illumina z DNA otrzymanego z wcześniejszego etapu jakim jest izolacja.
3. Wykonawca zapewnia, iż cały proces dozowania odczynników przy wykorzystywaniu paneli Infinium będzie przebiegał z wykorzystaniem automatycznego dozownika mikropłytkowego.
4. Wykonawca zobowiązany jest zapewnić dedykowanego opiekuna projektu, który będzie na bieżąco kontrolował i informował Zamawiającego, o każdym etapie prowadzonych analiz.
5. Wykonawca zobowiązuje się, że badania wykonywane przez niego na rzecz innych podmiotów, nie będą miały wpływu na rzetelność, jakość oraz dostępność do świadczeń, których wykonywanie jest przedmiotem niniejszego postępowania przetargowego.
6. Wykonawca zapewnia, iż uzyskane dane będzie można zintegrować z danymi uzyskanymi zgodnie z zamówieniem A4215 z 2019r realizowanego przez EurofinsGenomics, w celu zapewnienia ciągłości analiz.
7. Wykonawca zapewnia przepustowość umożliwiającą wykonanie wszystkich analiz w określonym w zamówieniu czasie, oraz zapewnia, iż w przypadku awarii aparatury wykorzystywanej podczas realizacji zamówienia, nie wpłynie to na czas realizacji zlecenia.

Procedura przyspieszona

W związku z pojawieniem się w 2020 roku pandemii wirusa Sars-CoV-2 Zamawiający nie był w stanie zaplanować z wyprzedzeniem tego typu usług zlecanych na zewnątrz. Sytuacja epidemiczna spowodowała znaczne wydłużenie okresu zbierania materiału biologicznego do późniejszych analiz. Czas przechowywania zebranego już materiału trzeba skrócić do minimum, gdyż zbyt długie jego przechowywanie znacząco wpływa na jakość uzyskiwanych danych. Aby móc w pełni wykorzystać zgromadzony cenny materiał Zamawiający chce jak najszybciej wysłać go do renomowanych ośrodków, w celu wykonania niezbędnych analiz.
Decyzja o ilości wykonywanych analiz zapadła w ostatnim momencie i związana jest również z zaplanowanym w ramach CSI i IDUB harmonogramem zadań.

Dokładne informacje na temat terminu (terminów) procedur odwoławczych

Pouczenie o środkach ochrony prawnej przysługujących wykonawcy
1.Środki ochrony prawnej przewidziane w Dziale IX ustawy Pzp przysługują wykonawcy, a także innemu podmiotowi, jeżeli ma lub miał interes w uzyskaniu danego zamówienia oraz poniósł lub może ponieść szkodę w wyniku naruszenia przez zamawiającego przepisów ustawy.
2. Środki ochrony prawnej wobec ogłoszenia o zamówieniu oraz specyfikacji istotnych warunków zamówienia przysługują również organizacjom wpisanym na listę organizacji uprawnionych do wnoszenia środków ochrony prawnej prowadzoną i ogłaszaną przez Prezesa Urzędu Zamówień Publicznych oraz Rzecznikowi Małych i Średnich Przedsiębiorców.
3.Odwołanie przysługuje wyłącznie od niezgodnej z przepisami ustawy czynności zamawiającego podjętej w postępowaniu o udzielenie zamówienia lub zaniechania czynności, do której zamawiający jest zobowiązany na podstawie ustawy.
4. Szczegółowe zasady wnoszenia środków ochrony prawnej oraz postępowania toczonego wskutek ich wniesienia określa Dział IX ustawy Pzp.

Krótki opis

Wykonanie izolacji DNA z krwi pełnej 3000 próbek wraz z wykonaniem genotypowania wielkoskalowego metodą mikromacierzy z wykorzystaniem panelu Illumina GSAv3 MD, oraz odesłanie pozostałych izolatów do siedziby Zamawiającego

Opis zamówienia

Wykonanie izolacji DNA z krwi pełnej 3000 próbek wraz z wykonaniem genotypowania wielkoskalowego metodą mikromacierzy z wykorzystaniem panelu Illumina GSAv3 MD, oraz odesłanie pozostałych izolatów do siedziby Zamawiającego

Procedura przyspieszona

W związku z pojawieniem się w 2020 roku pandemii wirusa Sars-CoV-2 Zamawiający nie był w stanie zaplanować z wyprzedzeniem tego typu usług zlecanych na zewnątrz. Sytuacja epidemiczna spowodowała znaczne wydłużenie okresu zbierania materiału biologicznego do późniejszych analiz. Czas przechowywania zebranego już materiału trzeba skrócić do minimum, gdyż zbyt długie jego przechowywanie znacząco wpływa na jakość uzyskiwanych danych. Aby móc w pełni wykorzystać zgromadzony cenny materiał Zamawiający chce jak najszybciej wysłać go do renomowanych ośrodków, w celu wykonania niezbędnych analiz.
Decyzja o ilości wykonywanych analiz zapadła w ostatnim momencie i związana jest również z zaplanowanym w ramach CSI i IDUB harmonogramem zadań